A Agência Nacional de Energia Elétrica (ANEEL) é administrada por uma diretoria colegiada, formada pelo diretor-geral e outros quatro diretores, entre eles, o diretor-ouvidor. As funções executivas da ANEEL estão a cargo de 20 superintendentes. Nas questões jurídicas, a Procuradoria Geral representa a Agência.
O diretor-geral conta com o apoio do Gabinete, enquanto a diretoria dispõe da estrutura de uma assessoria direta e da Secretaria Geral. A maioria das superintendências se concentra em questões técnicas - regulação, fiscalização, mediação e concessão - e uma parte delas se dedica à relação da ANEEL com seu público interno e a sociedade.