As carreiras próprias que compõem o quadro de pessoal efetivo da ANEEL são as de Técnico Administrativo (de nível intermediário), de Analista Administrativo e de Especialista em Regulação de Serviços Públicos de Energia (ambos de nível superior).

A Lei 10.871/2004, que criou essas carreiras, autorizou o quantitativo de 200 técnicos, 200 analistas e 365 especialistas. Ainda, há um quadro de 20 Procuradores Federais na Agência, além de 20 servidores redistribuídos, definidos como pertencentes ao Quadro Específico da ANEEL.

A ANEEL já promoveu três Concursos Públicos para provimento das carreiras própria, em 2004, em 2006 e em 2010, mas não há preenchimento total do quadro previsto em lei devido a vacâncias, exonerações, aposentadorias e outros desligamentos. 

Em 31 de dezembro de 2015, havia em exercício na ANEEL 163 analistas administrativos, 340 especialistas em regulação, 127 técnicos administrativo, 20 procuradores, 20 servidores do quadro específico e 39 servidores ocupantes de  cargos comissionados, sem vínculo efetivo com a Administração, além de 10 servidores cedidos à Agência por outros órgãos.